მერაბ ნინიძე 1965 წლის 3 ნოემბერს დაიბადა თბილისში. 1986 წელს დაამთავრა შოთა რუსთაველის სახელობის თეატრალური ინსტიტუტის სამსახიობო ფაკულტეტი, რის შემდეგაც - 1992 წლამდე - მოღვაწეობდა შოთა რუსთაველის სახელობის აკადემიურ თეატრში.
ხელოვნების მოყვარულთა ოჯახში დაიბადა და მისი კინოსადმი ინტერესი არავის გაჰკვირვებია. მისი ბაბუა, სერგო ახალაძე, თეატრის რეჟისორი იყო, მერაბის ბავშვობა კი სცენის მტვრით იყო გაჟღენთილი. ბებია, ზეინაბ ღოღობერიძე, მუსიკის მასწავლებელი იყო და მუსიკას გააცნო, შემდეგ კი შვიდი წელი გააგრძელა კლასიკური მუსიკის შესწავლა.
მერაბი 1972-1982 წლებში სწავლობდა თბილისის კლასიკურ გიმნაზიაში. ცამეტი წლის მერაბმა რუსთაველის სახელობის სახელმწიფო აკადემიურ თეატრში შექსპირის რიჩარდ III-ის პრინც ედუარდის როლზე გაიარა აუდიენცია, რომლის რეჟისორი რობერტ სტურუა იყო და პრემიერა 1979 წელს შედგა. სპექტაკლს დიდი წარმატება ჰქონდა, სამჯერ მოიარა დიდი ბრიტანეთის სხვადასხვა ფესტივალი.
1982 წლიდან 1985 წლამდე სწავლობდა სამსახიობო ფაკულტეტზე შოთა რუსთაველის თეატრსა და კინოს სახელმწიფო უნივერსიტეტში გიზო ჟორდანიას კლასში. მოგვიანებით კი ის რუსთაველის თეატრის დასს შეუერთდა.
ნინიძის პირველი კინო როლი იყო თენგიზ აბულაძის 1984 წლის ფილმში „მონანიება“, რაც, ალბათ ქართველი მაყურებლისთვის დაუვიწყარი სურათია. ფილმმა კანის მე-40 კინოფესტივალზე სამი პრიზი მოიპოვა, მათ შორის, ჟიურის მთავარი პრიზი.
მერაბის კარიერა წარმატებით ვითარდებოდა, როცა საქართველოში სამოქალაქო ომი დაიწყო, რასაც მისი ემიგრაცია მოჰყვა.
„ნოსტალგია სულ მაქვს. რა თქმა უნდა, ვენას, სადაც 22 წელი გავატარე, სრულად ვერ მოვწყდები, მაგრამ საქართველოშიც ვიქნები, ოღონდ გურიაში, ჩემს სოფელში – ნაგომარში. მომავალი წლიდან მე და ჩემი ძმა სახლს მივხედავთ, ხელახლა ავაშენებთ, ბოსტანს გავაკეთებ, ეზოს მოვუვლი. მინდა, სოფელს და ბუნებას დავუბრუნდე… თავიდან დინებას წავყევი, მთავარი იყო ენა მესწავლა და თამაში შემძლებოდა. აქედან რომ წავედი, არ ვფიქრობდი მთების გადადგმაზე, იმითაც კმაყოფილი ვიყავი, რომ პროფესიის დათმობა არ მომიხდა. ჩემი ფილმები ხან არტ-ჰაუსია, ხან ნაკლებად კომერციული, ხან - მეტად; ხან ცუდია, ხან - კარგი. მე კინო მიყვარს და, ამას გარდა, ელემენტარული შემოსავალიც მჭირდება. მიხარია, რომ თუ ძალიან ცუდ ფილმში ვითამაშებ, საქართველოში ამას არავინ ნახავს და თუ კარგი გამოვა, მისი წარმატების ამბავს აუცილებლად ყველა გაიგებს“…- ამბობდა მსახიობი.
მთავარი წარმატება მერაბს მოუტანა კაროლინა ლინკის ფილმმა „Nirgendwo in Afrika“ - „არსად აფრიკაში” (2001). ეს ფილმი 2003 წელს „ოსკარის” 75-ე დაჯილდოების ცერემონიაზე დასახელდა, როგორც წლის საუკეთესო უცხოური ფილმი. 2011 წლის აპრილში ლეჩეს ევროპულ კინოფესტივალზე ქართველმა მსახიობმა საუკეთესო ევროპელი მსახიობის პრიზი მიიღო მამაკაცის როლის შესრულებისთვის, რობერტ ადრიან პეჟოს ფილმში „მკვლელი კამერა”.
"ძალიან სასიამოვნო და საინტერესო, მაგრამ გასაიდუმლოებული იყო ჩემი შეხვედრა უდიდეს რეჟისორთან, სტივენ სპილბერგთან, იმიტომ რომ, დამირეკეს შაბათ დღეს. შაბათ დღეს კი, როგორც წესი, არავინ არავის ურეკავს საქმესთან დაკავშირებით, თუ მართლა რაღაც არ ხდება. ყველა მსახიობისთვის ეს არის ანეკდოტივით, ტელეფონი რომ რეკავს და ერთმანეთს ეუბნებიან: ალბათ, სპილბერგი რეკავსო. დამირეკა მისმა პროდიუსერმა და მითხრა, რომ ორშაბათს ჩამოხვალ პარიზში, ერთი-ორი დღე გაჩერდები სასტუმროში და მერე ჩემთან და რეჟისორთან გექნება შეხვედრაო. წავედი. რა თქმა უნდა, ყველაფერი იყო ორგანიზებული. აეროპორტში დამხვდა მანქანა, წამიყვანეს სასტუმროში. ვიცი, ვის უნდა შევხვდე, მაგრამ ვიცი, რომ სერიოზული შეხვედრაა. მოკლედ, შევხვდი სპილბერგს. გავოცდი, ყველაფერი იცოდა საქართველოს შესახებ. არაფერი არ უნდა ამეხსნა მისთვის: საიდან ვარ, ვინ არის ქართველი? გელაპარაკება როგორც დიდი ხნის ნაცნობი და მეგობარი. მერე მითხრა, რომ „არსად აფრიკაში” ნახა ორჯერ, ერთხელ ხმით, მეორედ უხმოდ. ხმა გამორთო, იმიტომ რომ, აინტერესებდა, ფიზიკა როგორ მუშაობს, რა მოსდის თვალში... ბევრი კომპლიმენტიც მითხრა, მკითხა ვლაპარაკობ თუ არ ივრითზე. როცა ევროპაში ჩამოდის, ფილმებს, რომელსაც უყურებს კინოაკადემიაში და მოსწონს, უნდა რომ მასში მონაწილე მსახიობები პირადად გაიცნოს. ასეთი პრინციპი აქვს. მე მასთან არ მიმუშავია, მაგრამ, როდესაც ვშორდებოდით ერთმანეთს, ვუთხარი: არ ვიცი, ამ ჩვენს შეხვედრას რა მოჰყვება, მაგრამ, რაც არ უნდა მოჰყვეს, ეს შეხვედრა უკვე ჩემთვის ძალიან დიდი რამ არის და ის ფაქტი, რომ თქვენ ევროპაში ჩამოდიხართ, უყურებთ ჩემს ფილმებს, მაკვირდებით როგორ ვმუშაობ, საფუძველს მაძლევს, უკეთესად ვიმუშაო-მეთქი."